As origens do MKB datam de meados do século XIX, quando, em 1849, a Universidade de Basel fundou o “Museu da cidade da Basileia” (Museum der Stadt Basel) com objetos de arte, de arte sacra e uma importante coleção de objetos do México e da Guatemala, reunida por Lukas Vischer Platz, um importante comerciante local, sendo algumas das mais antigas coleções etnográficas acessíveis ao público na Europa. Em 1892, o governo da Basileia decidiu separar toda a coleção etnográfica, formando a Comissão Etnográfica, que se reuniu em 1893 pela primeira vez, o que caracteriza o seu ano de fundação. Nos primeiros tempos, as coleções consistiam principalmente em objetos recolhidos por membros da burguesia de Basileia nas suas viagens pelo mundo. Mais tarde, esta tarefa foi assumida por académicos como Fritz e Paul Sarasin, Felix Speiser, Alfred Bühler e Paul Wirz, que contribuíram significativamente para o crescimento e riqueza das coleções do museu, cunhando assim a orientação do museu durante muitos anos. Em 1918, a coleção de etnologia se transformou no Museu de Etnologia, que teve Fritz Sarasin como seu primeiro curador e diretor.
O nome atual de Museum der Kulturen Basel (MKB) foi dado em 1996. O Museum der Kulturen Basel (MKB) é o maior museu antropológico da Suíça e um dos mais eminentes do seu gênero na Europa. As coleções do MKB são conhecidas em todo o mundo e incluem mais de 340.000 objetos, cerca de 300.000 fotografias, 400 filmes e gravações sonoras.